(02/15/2020〜
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2020年度 「生物科学総合実験」 - 「生体調節学実験」 （竹内担当分） |
VI. メダカ鱗における色素胞の神経制御（神経制御編） VII. ホルモンによる体色の調節（ホルモン制御編） VIII.統計解析（生物統計） 実習スケジュール 予定表  （20/10/08）テキスト原稿 メダカ編（神経制御編） PDFファイル（ページ番号あり，20/03/21改訂版，約6MB） カエル編（ホルモン制御編） PDFファイル（ページ番号あり，20/03/21改訂版，約9MB） 「神経科学」授業資料 PDFファイル，動画１ (54分)，動画２ (22分) 生物統計学入門資料 PDFファイル（20/04/01改訂版，約18MB） 生物統計学入門資料（FSS高校生向け） PDFファイル（17/12/15改訂版，約134MB） 生物統計学入門資料（FSS高校生向け） 動画閲覧サイトへのリンク（17/12/15改訂版） 「数理・データサイエンス入門」の動画資料抜粋 4.1 尺度水準（約11分） 4.2 代表値1（約6分） 4.3 代表値2（約8分） 4.4 データの可視化1（約9分） 4.5 データの可視化2（約10分） 4.6 データの可視化3（約12分） 4.7 データの可視化4（約7分） 5.1 相関係数（約17分） 5.2 回帰直線（約12分） 5.3 相関関係と因果関係（約10分） 5.4 回帰分析（約11分） 6.1 確率と確率変数（約14分） 6.2 確率分布と期待値（約15分） 6.3 確率と確率分布（約9分） 6.4 母集団，標本，無作為抽出（約7分） 6.5 有意差，サンプルサイズ，効果量，検定力（約13分） 6.6 様々な検定手法の紹介（約15分） 8.1 データの収集，データの保存，前処理1（約11分） 8.2 データの前処理2，分析手法の選択（約13分） 8.6 情報の信頼性（約8分） 8.8 再現性，チャンピオンデータ（約11分） 参考文献M00： カシオ計算機株式会社 WILD MIND GO! GO!，魚のウロコを観察してみよう，(2016.12.20) （リンク ） 参考文献M01： Feldman, R.S. & Quenzer, L.F., Fundamentals of Neuropsychopharmacology p.151-206, Sinauer Associates, Inc., Sunderland, Massachusetts, USA (1984) 参考文献M02： 藤井良三，UP BIOLOGY 10: 色素細胞，東京大学出版会，東京 (1976) 参考文献M03： 藤井良三，カリウムイオン及びアドレナリンの魚類黒色素胞凝集系に及びス作用機構 Action of potassium ions and adrenalin on the melanophore-cocentrating system of fish，動物学雑誌 67(8): 225-229, 1958. （リンク） 参考文献M04： FUJIYAMA めだかのブログ2017，メダカの体色（色素胞）のお話 （リンク） 参考文献M05： 広島大学理学部動物学教室生理学講座 動物生理学実習テキスト, p.73-78, (1989 ?) 参考文献M06： 林茂群・潮秀樹・大島敏明・山中英明・小泉千秋，養殖マダイ色素顆粒のカリウム凝集に対する温度の相乗効果，日本水産学会誌 64(2): 280-285 (1998) （PDF） 参考文献M07： Iga, T., The action of potassium ions on the xanthophores of the teleost, Oryzias latipes, Memoirs of the Faculty of Literature and Science, Shimane University, Natural Sciences 2: 67-75 (1969) （リンク, PDF） 参考文献M08： Iga, T., Variation in respose of scale melanophores of a teleost fish, Oryzias latipes, to potassium ions, Journal of Science of the Hiroshima University, Series B, Division 1, Zoology 26: 232-235 (1975) （PDF, in preparation） 参考文献M09： Iga, T., Potassium-induced melanosome dispersion in melanophores of Oryzias latipes is independent of adrenergic mechanisms Annotationes Zoologicae Japonenses 50(4): 195-202 (1977) （リンク, PDF） 参考文献M10： Iga, T., The mode of action of potassium ions on the leukophores of a freshwater teleost, Oryzias latipes, Journal of Experimental Zoology 205(3): 413-421 (1978) （リンク, PDF, in preparation） 参考文献M11： Iga, T. and Ino, Y., Adrenerglc mechalnisms controllimg pigment movements in Erythrophores of Halichoeres tenuispinnis, Memoirs of the Faculty of Literature and Science, Shimane University, Natural Sciences 26: 73-84 (1992) （PDF） 参考文献M12： 石田寿老・佐藤重平 編，生物の実験法，p.182-190，裳華房，東京 (1958) 参考文献M13： Karlsson, G.O.G., Andersson, R.G.G.,Elwing, H. and Grundstrom, N., Comparative studies on nerve-and noradrenaline-induced melanosome aggregation within different species of fish, Comp. Biochem. Physiol., 88C, 287-291 (1987). （PDF, in preparation） 参考文献M14： 基礎生物学研究所・名古屋大学，「メダカの体を黄や白に彩る色素細胞の多様性を生み出す仕組みが明らかに」，プレスリリース 2014.05.20 （リンク） 参考文献M15： 越田豊，メダカ，遺伝1977年2月号（31巻1号）p.58-63. (1977) 参考文献M16： Ligon, R.A. and McCartney, K.L., Biochemical regulation of pigment motility in vertebrate chromatophores: a review of physiological color change mechanisms，Current Zoology 62(3): 237–252 (2016) リンク，PDF） 参考文献M17： めだかの館（新種・改良メダカ専門店） （リンク） 参考文献M18： メダカ通販「め組」，The 色素胞 （リンク） 参考文献M19： 森下文浩，魚類色素胞のアドレナリン性受容体のサブタイプ，動物生理 5(2): 131-139 (1988) （PDF） 参考文献M20： NHK サイエンスZERO 「科学10大ニュース」で紹介された生物オリンピック参加者用実験課題のひとつ （抜粋MP4動画ファイル約24MB） 参考文献M21： 岡村直道，メダカの色素胞と体色変化―生物学実験：実験６について，筑波医療科学 1(3): 63-66 (2004) （リンク） 参考文献M22： 大島範子，硬骨魚類における色素胞とその運動制御の仕組み，比較生理生化学 20(3): 131-139 (2003) （PDF） 参考文献M23： 大島範子，青い魚はなぜ青い？ - 魚の体色変化の不思議を探る - （リンク） 参考文献M24： Oshima, N., Sekine, H.，and Tadokoro, M., Involvement of Ca2+ in the direct of K on xanthophores of the Medaka, Oryzias latipes，Zoological Science 15(5): 645-650 (1998) （リンク，PDF） 参考文献M25： プティメダカクラブ，メダカ博物館：メダカカラー教室 （リンク） 参考文献M26： 杉晴夫・平本幸男 編，実験生物学講座10：運動生物学 p.255-270, 丸善，東京 (1984) 参考文献M27： 竹内浩昭，神経によって制御されるメダカの体色変化，研究者が教える動物実験 第２巻 - 神経・筋 - （尾崎まみこ・藍浩之・村田芳博・定本久世・日本比較生理生化学会 編），共立出版，東京，p.51-61, 2015. （原稿PDFファイル） 参考文献M28： 八木田健司・池田弥生・尾崎久雄，カダヤシ黒色素胞のアドレナリン性受容体の特性，日本水産學會誌 51(3): 365-370 (1985) （リンク ） 参考文献F01： asahi.com，ののちゃんのＤＯ科学「カエルの色なぜ変わる？」 （リンク） 参考文献F02： 菊山栄，両生類の体色変化，ラボラトリーアニマル1巻1号: 56-59 (1984) （PDFファイル） 参考文献F03： 岡山大学理学部生物学科生体情報システム研究室，体色調節の基礎知識 （リンク） 参考文献F04： 大津高・窪川かおる・山本和俊，体色変化とホルモン，ホルモンハンドブック III 実験のモデル（日本比較内分泌学会編），p.151-176，学会出版センター (1991) （PDFファイル） 参考文献F05： 竹内浩昭，ホルモンによって制御されるカエルの体色変化，研究者が教える動物実験 第２巻 - 神経・筋 - （尾崎まみこ・藍浩之・村田芳博・定本久世・日本比較生理生化学会 編），共立出版，東京，p.62-65, 2015. （原稿PDFファイル） 参考文献F06： 竹内浩昭，行動で診るサンショウウオの味覚嗜好性，研究者が教える動物実験 第３巻 - 行動 - （尾崎まみこ・定本久世・村田芳博・藍浩之・日本比較生理生化学会 編），共立出版，東京，p.88-92, 2015. （原稿PDFファイル） 参考文献BS01：★ 青木繁伸＠群馬大学，統計学 （リンク） 参考文献BS02：★ BoxPlotR: a web-tool for generation of box plots （リンク） 参考文献BS03： エクセルの分析ツールの使い方 by S.Kobayashi@Shimane_U（リンク） 参考文献BS04： フリー統計ソフトEZR by Kanda@Jichi-Med_U（リンク） 参考文献BS05： 「激素庵」（生命科学の統計処理など）（リンク） 参考文献BS06： 堀啓造＠香川大学，WWWで統計を学習しよう （リンク） 参考文献BS07： 小林和広，エクセルでの標準誤差の計算方法（リンク） 参考文献BS08： 小山なつ＠滋賀医科大学，私のための統計処理 （リンク） 参考文献BS09：★ 田中敏・Nappa，統計分析プログラム js-STAR （リンク） ■参考資料■： 2008年度の色素胞数量データ例 PDFファイル，JPGファイル，XLSファイル |
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| 受講上の注意 |
＜班分け＞ 鈴木雅一先生・岡田令子先生の担当部分と同じ８班構成（対面実習履修者）＋オンライン履修者で実施します。 班構成は、こちら（2020年版，20/10/26改訂版掲載） ＜必携品：対面実習履修者＞ 白衣，カラーPDF版テキスト（メダカ編（神経制御編），カエル編（ホルモン制御編）），グラフ用紙，スケッチ用ケント紙（A4サイズ），筆記具（鉛筆・黒色細書き油性ペン・ボールペン・消しゴム・ノート・他），定規，ハサミ（解剖具以外），秒が読み取れる時計，パソコン（平均・標準誤差が計算できるもの），解剖具（先の細いピンセット・柄付き針・解剖ばさみなど），バイオインフォマティクス演習で使った統計学関連資料，生物学実験で使ったマイクロメータ関連資料 ＜その他あれば便利なもの＞ 数学概論で使った統計学関連資料，デジタルカメラ，デジタルビデオなど ＜統計解析10/30(金)〜11/9(月)＞ 20/10/30(金)〜11/9(月)は、統計解析（生物統計学入門）の演習的内容（対面実習履修者とオンライン履修者は共通）をオンデマンド履修し、レポートを作成・提出ください。 |
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■■■■■■ ■レポート■ ■■■■■■ 右記の説明をよく 読んで適切なレポ ートを作成し、〆 切までに提出くだ さい。 2020/11/16更新 |
＜生体調節学実験「色素胞」最終Report 提出〆切 20/11/26(木)17:00＞ 対面実習履修者は、班ごとに実施した実験データを各自で整理し、各自で描いたスケッチと合わせて、個人のレポートとして提出ください。 オンライン履修者は、仮想実験データ「VirtualData2020.xlsx」と鱗・色素胞の定量データ（各自で入手できる魚の鱗と色素胞で定量したサイズ・個数のデータ）を各自で整理し、各自で描いたスケッチ（各自で入手できる魚の鱗と色素胞のスケッチ）と合わせて、個人のレポートとして提出ください。 ※オンライン履修者で、肉眼観察（またはスマホカメラによる観察など）による鱗のサイズ測定・スケッチと色素胞のサイズ測定・個数測定・スケッチのいずれかが困難な場合は、その理由をレポート本文に記すとともに、竹内研提供の鱗・色素胞写真Medaka-Scale-Chromatophore-Photos_201106.pdfで鱗のサイズ測定・スケッチと色素胞のサイズ測定・個数測定・スケッチを実施ください。 オンライン履修者用の参考文献M00： カシオ計算機株式会社 WILD MIND GO! GO!，魚のウロコを観察してみよう，(2016.12.20) （リンク ） なお、メダカ鱗の色素胞に関する定量データ（鱗サイズ・各色素胞の数・色素胞のサイズ）は、最終レポートにも含まれますが、演習データとして統計解析用にも使いますので、最終レポートとは別途に生物統計学Report01,02,03として提出ください。 ＜生物統計学Report01,02,03 提出〆切 20/11/05(木)12:00, 11/11(水)24:00, 11/20(金)24:00に延期＞ ●●生物統計学Report01（2015 Histgram, BeeswarmPlot）；ファイル提出〆切: 20/11/05(木)12:00●● メダカ鱗のサイズと色素胞の数・サイズに関する数量データの2015年度分について、度数分布表とヒストグラム，Beeswarm Plot を作製し、それらをまとめたWordファイルとPDFファイルを学務情報システム経由で提出ください。 ファイルは、「BiostatEx181030_1.docx」「BiostatEx181030_1.pdf」に倣って作成すること。 参照サイト01：★ 青木繁伸＠群馬大学 BlackBox （リンク） 参照サイト02：★ BoxPlotR: a web-tool for generation of box plots （リンク） 参照資料： Biostat_Histogram-BoxPlot_manual.pdf ●●生物統計学Report02（2020生データ）；ファイル提出〆切: メダカ鱗のサイズと色素胞の数・サイズに関する数量データの2020年度分について、各班でエクセルファイルにまとめて学務情報システム経由で提出ください。 *1 対面実習履修者のエクセルファイルは、「Medaka2008Data_r06130XA4.xls」に倣って作成すること。 *2 対面実習履修者のエクセルファイルは、必ず班員全員で内容を確認した後、班員全員が同じデータを個別にアップロードすること。 *3 対面実習履修者は提出者の学籍番号・氏名と班員メンバー全員の学籍番号・氏名を明記すること。 *4 オンライン履修者のエクセルファイルは、オンライン履修者２〜６人（メンバーは任意；異なる魚種でもOKですが必ず魚種・データ採集者氏名・学籍番号を記すこと）のデータを集めて「Medaka2020Data_408130XX-Online.xls」に倣って作成すること。 ※オンライン履修者で、肉眼観察（またはスマホカメラによる観察など）による鱗のサイズ測定と色素胞のサイズ測定・個数測定のいずれかが困難な場合は、その理由をレポート本文に記すとともに、竹内研提供の鱗・色素胞写真Medaka-Scale-Chromatophore-Photos_201106.pdfで鱗のサイズ測定と色素胞のサイズ測定・個数測定を実施ください。 オンライン履修者用の参考文献M00： カシオ計算機株式会社 WILD MIND GO! GO!，魚のウロコを観察してみよう，(2016.12.20) （リンク ） ●●生物統計学Report03（2020 Histgram, BeeswarmPlot）；ファイル提出〆切: メダカ鱗のサイズと色素胞の数・サイズに関する数量データの2020年度分について、度数分布表とヒストグラム，Beeswarm Plot を作製し、それらをまとめたWordファイルとPDFファイルを学務情報システム経由で提出ください。 ファイルは、「BiostatEx181030_1.docx」「BiostatEx181030_1.pdf」に倣って作成すること。 2020年度分データファイルは、「Data_of_chromatophore_n31_201111.xls」（20/11/13(金)12:00集計のファイル）です。 （★黄色セルの長径と短径の入れ替わりミス２箇所を修正済み）） ＜レポートの電子化＞ 2020年度も、スケッチも含めてレポートをデジタルファイルで提出してもらいます。 ［※フリーPDF化ソフトの例：無料オンラインPDF作成・変換］ ［※フリーPDF化ソフトの例：Microsoft Office Lens - PDF Scanner］ ［※フリーPDF化ソフトの例：Adobe Scan］ ［※フリー圧縮ソフトの例：無料圧縮・解凍ソフト(Win, Mac)］ ［※フリー圧縮ソフトの例：無料圧縮・解凍ソフト(Mac用 ZIPANG)］ ［※フリー圧縮ソフトの例：無料オンライン圧縮・解凍ソフト(ezyZip)］ ＜レポート本文の電子化＞
＜レポート作成上の注意（2015〜2019年のコメント例）＞
＜電子ファイルの提出方法＞
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■■■■■■■■■■ ■統計解析用データ■ ■■■■■■■■■■ |
20/10/30(金)〜11/9(月) は、統計解析（生物統計学入門）の動画視聴と演習的内容をオンデマンドで受講ください。 参照サイト01：★ 青木繁伸＠群馬大学 BlackBox （リンク） 参照サイト02：★ BoxPlotR: a web-tool for generation of box plots （リンク） 参照資料：： Biostat_Histogram-BoxPlot_manual.pdf 20/10/30(金)〜11/9(月) の統計解析に使うファイルはこちら ↓
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■■■■■■■■ ■レポート返却■ ■■■■■■■■ |
21/03/01(月)までに成績を提出し、その後、採点済みレポートをメールで返却する予定です。 なお、返却レポートの表面に書かれている採点は、レポート本文とスケッチ，数値データ表の採点に出席点を加えて10点満点で評価したものです。 「生体調節学実験」の成績は、鈴木雅一先生・岡田令子先生担当分，竹内担当分の成績を総合評価して決まります。 |